组织学检查：不论病猪生前有无神经症状，组织学检查脑组织均可见到轻度或中度的弥散性的非化脓性脑脊髓炎变化，有以淋巴细胞浸润为主的血管套和神经胶质细胞增生灶，出血不明显。大脑中部病变较背部严重，小脑内的病变仅局限于第四脑室的顶部，脊髓受害一般不严重，脑膜含有大量的淋巴细胞，血管嵌边明显，多数为网状组织细胞，少数为淋巴细胞和嗜伊红细胞。血管壁一般不受侵害。脑灰质和白质发现软化病灶，脊髓实质有类似变化。神经细胞周围的套细胞有些肥大和增殖，在套细胞内核染色体周围可发现圆形或卵圆形呈酸碱两性染色的核内包涵体。这种包涵体也可见于视神经束细胞内。在电镜下可见包涵体有一层膜，但没有本病病毒。。蹄部皮肤开始表现为表皮鳞状上皮（包括毛囊上皮）发生空泡变性、坏死和形成小水疱，棘细胞层的细胞排列松散，细胞间隙比正常清晰，以后细胞相互分离，并发生浓缩和坏死。真皮乳头层小血管充血、出血、水肿和血管周围有淋巴细胞、单核细胞、浆细胞及少数嗜酸性白细胞浸润，炎症逐渐向表皮层扩展。以后水疱破裂形成浅表溃疡，表面棘细胞及颗粒层细胞发生凝固性坏死，变成均质无结构物质，附在溃疡表面，溃疡底部有炎症反应。

除皮肤病变外，猪水疱病病毒也能侵袭黏膜组织，病猪的肾盂及膀胱黏膜上皮发生水疱变性，膀胱黏膜下水肿，小血管充血，有时胆囊黏膜亦可发生炎症变化。另外，心、肝、肾等实质器官发生程度不等的实质变性。心肌纤维有时有少数小血灶，血管内皮细胞肿胀、增生。肾小管上皮细胞颗粒变性和空泡变性较明显。腹股沟淋巴结肿胀，被膜下浆膜浸润和散在出血区。