怀孕母猪感染细小病毒后，一般无肉眼可见病变，仪在母猪流产时，肉眼可见母猪有轻度子宫内膜炎，胎盘部分钙化。特征性的病理变化在胎儿。

妊娠前期(1 -70cl)是猪细小病毒增殖的最佳时期，因为该病毒适于在增殖能力旺盛的，处于有丝分裂的细胞内繁殖，所以在此阶段一旦被猪细小病毒感染，则病毒集中在胎盘和胎儿中增殖，故胎儿出现弱仔、死亡、木乃伊化。骨质溶解、腐败、黑化等病理变化，母猪流产。大多数死胎、死仔或弱仔皮肤、皮下充血或水肿，胸、腹腔积有淡红或淡黄色渗出液，肝、脾、肾有时肿大脆弱或萎缩发暗。个别死胎、死仔皮肤出血。弱仔初生重低于正常仔猪，活力弱，生后半小时先在耳尖，后在颈、胸、腹部及四肢上端内侧出现淤血、出血斑，半天内皮肤全变紫而死亡。这种情况多见于产前2个月左右曾流行过猪瘟的猪场，除上述各种变化外，还见到畸形胎儿，干尸化胎儿（木乃伊）及骨质不全的腐败胎儿。

病理组织学变化表现为妊娠母猪黄体萎缩、子宫黏膜上皮和固有层有局灶性或弥漫性单核细胞浸润。死胎或死产的仔猪取脑作组织学检查，可见非化脓性脑炎变化，血管外膜细胞增生，浆细胞浸润，在血管周围形成细胞性“管套”，主要见于大脑灰质、白质、脑软膜、脊髓和脉络丛。肺、肝、肾等的血管周围也可见炎性细胞浸润。还可见间质性肝炎、肾炎和伴有钙化的胎盘炎。

死于急性猪细小病毒感染的新生动物，心肌弥漫性变性占由于病毒在长骨、肋骨及肋软骨的接合处生长，导致骨质退化。病毒对颅骨和下颌骨膜有明显的亲合性。病毒的复制干扰了这些骨的生长，导致头骨畸形。病毒在肠，特别是小肠腺窝上皮复引起肠炎。病毒侵袭肝脏可引起肝炎。在上述组织中都可以找到特殊的细胞核内包涵体。

感染母猪不见明显的肉眼病变，受感染的胎儿则表现不同程度的发育障碍和生长不良，或出现木乃伊胎儿、畸形胎儿、骨质溶解腐败的黑化胎儿等。