肉眼病理学变化主要表现在病变皮肤部位。主要表现为水疱、破溃面、糜烂面。组织病理学变化主要表现在病变皮肤的单层或复层扁平上皮细胞明显肿胀，发生水肿变性，随后细胞坏死、溶解，并出现细胞间水肿，以至于表皮与真皮脱离而形成特征性水肿。局部淋巴结充血、水肿，大量淋巴细胞变性、坏死。水疮液、水疱皮和淋巴结中含有大量的病毒，有时血液中也可见到少量病毒。

上面提到的皮肤上形成水疱是该病毒引起的主要病变，此时淋巴结往往有大量淋巴细胞受到破坏，并有淋巴结的充血和水肿。因为在组织培养时获得高浓度的病毒，推测病毒可能在淋巴结复制或浓缩，水疱液和水疱皮富含病毒，有时血液中可见少量病毒，这意味着可能来自其他病灶，并确实可将病毒传到次级病灶，破溃水疱可向环境中释放大量具有感染性的病毒，这是疾病在动物间传播的主要方式。镜检，可见皮肤水疱部的上皮细胞首先呈明显肿胀，胞浆呈水疱变性，随后细胞发生坏死，溶解，并出现细胞间水肿。此时表皮和真皮脱落，形成特征性水疱。