1.降低消化道食糜黏度，提高营养物质消化吸收率。构成植物细胞壁的非淀粉多糖类物质，能够结合大量的水，增加消化道食糜的黏度，使营养物质和内源消化酶不能充分接触，降低了蛋白质、淀粉等营养物质的消化利用率。饲料中添加酶制剂，可以破坏食糜周围的水化膜，增加食糜与酶及小肠的接触面，提高营养物质的消化吸收率。
    2.提高植酸磷的利用率。大多数植物饲料及谷物中60%~80%的磷以植酸磷的形式存在，由于水产动物消化系统缺乏内源性植酸酶，无法利用饲料中植酸结合态磷，致使无效磷排入水体引起污染，而植酸酶的使用，可将植酸结合态磷转化为有效磷供动物机体使用，从而提高饲料中磷的利用率，减少粪磷对水环境的污染。
    3.消除抗营养因子。饲料中抗营养因子广泛存在于各种饲料原料中，他们直接或间接地影响营养物质的消化吸收和代谢作用，而酶制剂可部分或全部消除这些抗营养因子的不良影响。
    4.补充内源酶的不足，激活内源酶的分泌。幼年动物或处于病态等应激状态的动物分泌酶的能力较弱，饲料中适当地添加蛋白酶、淀粉酶和脂肪酶，可补充内源酶的不足，提高饲料利用率，此外还可促进内源酶的分泌。

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