坏死梭杆菌的致病作用往往与同时感染的细菌的协同作用有关。在其病灶常能分离到化脓棒状杆菌、化脓球菌、有结类杆菌等。化脓棒状杆菌能产生一种大分子物质同时消耗氧，有利于坏死梭杆菌的生长，而坏死梭杆菌通过其外毒素的杀白细胞作用和阻抑吞噬作用为化脓棒状杆菌的生长创造条件；有结类杆菌产生的一种蛋白酶，使细菌能够穿透表皮基质，它还可产生一种对热不乱的可溶性凶子，能增强坏死梭杆菌的生长和毒性。坏死梭杆菌有破坏组织、产生杀白细胞毒素的作用。此外，生长在坏死组织碎屑中的各种细菌有助于形成使厌氧病原体生存的厌氧环境。

坏死梭杆菌一般不能侵害正常的上皮组织，当皮肤或黏膜受到损伤后，细菌感染，生长繁殖，产生外毒素，可导致溶血和杀白细胞，使吞噬细胞死亡，释放分解酶，使组织溶解；产生的内毒素可使组织发生凝固性坏死）如有其他细菌（化脓菌、腐败菌等），则使病变复杂化，往往出现湿性坏疽或气性坏疽。当病畜抵抗力强时，病变部位可形成肉芽组织，坏死组织被排出或被结缔组织包围，机化或钙化。病畜抵抗力弱或细菌毒力强时，病变蔓延或转移，坏死梭杆菌可随血流至体内各器官形成新的病灶。最后可因白喉（饥饿）、全身中毒、二大面积内脏坏死和栓塞或在继发感染下，使病畜死亡。