在临床剖检情况下，很难判定是副猪嗜血杆菌感染还是链球菌感染，因为两者所产生的临床病变几乎一样，都可导致关节肿、神经症状，剖检都会产生浆膜炎，一般看见关节肿的，都会怀疑是副猪嗜血杆菌病，不过大部分情况下分离的都是链球菌，要区分两者都是从实验室诊断来判定，看两者在培养基上生长情况，链球菌在血平板上溶血，pcr鉴定有时也有两者的混合感染。

     在临床剖检中，关节型副猪嗜血杆菌与关节型链球菌很容易混淆应加以区分，关节型副猪嗜血杆菌是关节面出现浆液-纤维素性或纤维素性化脓性炎症，关节纤维素渗出，润滑液增多。而关节型链球菌则是由化脓性链球菌感染引起的关节炎，首先是关节肿大，触摸为硬的实性炎症，随着链球菌对组织的破坏逐步变软化脓，关节型链球菌较副猪嗜血杆菌关节腔液体脓性更高，副猪嗜血杆菌较关节型链球菌组织炎症更低。

     副猪嗜血杆菌引起的关节炎、跗、腕关节肿大、剧痛、瘸腿，用手一捏，疼的尖叫；剖检关节腔内有浆液性纤维蛋白渗出物。链球菌引起的关节炎关节肿大，初期坚硬，温度升高，后期变软，触之有波动感，针刺流脓；少数变硬、皮肤增厚；剖检滑液浑浊，有黄白色奶酪样块状物，关节周围皮下水肿，有化脓性坏死灶，严重者关节软骨坏死。

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