猪的EMC在临床上往往是亚临床感染。急性发作的猪可见短暂的精神沉郁、拒食、震颤、步态蹒跚、麻痹、发热( 41～42℃)、呕吐，下痢、呼吸急促、虚脱，往往是在吃食或兴奋时突然倒地死亡。EMCV究竟主要引起脑炎还是心肌炎与猪的易感性和EMCV的毒株有关：临床上主要是仔猪发病。除造成仔猪死亡外，EMCV还可引起母猪以产木乃伊胎和死产为特征的繁殖机能障碍。在发病期间或过后，猪群中仔猪或生长猪的死亡率可能没有明显增加，但木乃伊胎和死产的发生率都可能将有明显的增多。