临床上此病主要发生于新生仔猪，发病突然，迅速死亡，无先期症状。死亡猪心肌有特征性病变，可见心肌变性、坏死。发病猪群饲料多有被鼠偷食、或被患猪或鼠分泌物和排泄物污染的历史。根据临床症状和特征性病变，结合流行情况，可做出初步诊断。

进行实验室诊断时，可采取急性死亡猪的心脏、脑、脾等组织分离病毒。用BHK21单层细胞培养，用病猪的心、脑、脾、淋巴结等组织制成的10%悬液，接种小鼠（脑内、腹腔内、口内或肌肉内接种），经4～7d死亡，剖检可见心肌炎、脑炎和肾萎缩等变化；接种6周龄仔猪，每头猪肌肉注射40mL，可引起接种仔猪死亡。BHK2，细胞或胎鼠成纤维细胞分离培养的病毒可用中和试验进行鉴定。猪体内血清抗体的检测可用血凝抑制试验和中和试验。也可用鼠中和试验检測病猪是否感染了EMCV。方法是没对照和试验鼠各一组，对照组鼠腹腔接种病料悬液，而对试验组鼠接种病料和EMCV抗血清的混合液，此方法阳性结果为对照组鼠发病致死，而试验组健活。

临床诊断时，要注意与白肌病、猪水肿病及败血性心肌梗塞相区别。