据推测，蓝眼病副黏病毒自然感染是通过吸入所致，气管和鼻腔的滴注和气雾法是有效的感染方法，其临床症状和病理变化与自然感染病例非常相似。以前试验证明：1日龄乳猪接种后20-66h出现神经症状；一些断奶仔猪（21～50日龄）接种后lld出现神经症状；母猪怀孕期接种可发生繁殖障碍。这些实验感染猪偶尔也发生角膜混浊、、易感猪与这些实验感染猪接触19d后也发生猪蓝眼病。

病毒最初复制部位可能是在鼻黏膜和上呼吸道，在蓝眼病副黏病毒感染的早期，病毒从最初复制部位扩散到脑和肺，而且其组织病变和中枢神经症状可在发病早期出现。脑组织是病毒分离和进行免疫荧光检测的最佳组织。蓝眼病副黏病毒可进人血液而引起病毒血症，从实验感染猪的脑、肺、扁桃体、肝、鼻甲骨、脾、肾、肠系膜淋巴结、心脏和血液均可分离到病毒。从脑、肺和扁桃体最易分离到病毒。中枢神经系统是病毒持续性感染的作用位点，病毒有可能在体内的中枢神经系统长期存在，病毒的这种持续性感染能够逃逸特异性免疫的攻击。

推测病毒通过血液到达子宫，怀孕母猪因此发生繁殖障碍。怀孕期前1/3感染蓝眼病副黏病毒，导致胎儿死亡母猪转入发情，怀孕后期感染，则母猪发生死产和产木乃伊胎。青年杂种公猪鼻腔滴注蓝眼病副黏病毒，接种15d后睾丸和附睾出现炎症和水肿。接种30d后输精管出现病变，附睾上皮破裂，精子漏出精囊引起脓肿。感染80d后，表现为附睾纤维化、颗粒化以及睾丸萎缩。成年墨西哥无毛公猪接种10-45d后，在其睾丸、附睾、前列腺、精囊和尿道球部腺体可检出病毒。