血凝性脑脊髓炎病毒可通过口腔和鼻感染仔猪。HEV可在扁桃体、喉、气管、肺、食管、胃和十二指肠及鼻黏膜复制增殖。侵入门户局部感染增殖后，HEV病毒可经外周神经系统到达中枢神经系统(CNS)，至少有三条途径。从鼻黏膜和扁桃体到脑干三叉神经节和三叉神经感觉核是第一条途径。第二条途径沿迷走神经，经迷走神经感觉结节到达脑干迷走感觉核。第三条途径是在局部感觉结节复制后，从肠神经丛到脊髓。病毒血症在发病机制中的意义很小或不具有意义。在中枢系统(CNS)，感染始于延髓神经核，以后发展波及整个脑干，脊髓，有时波及大脑和小脑。病毒在迷走感觉神经节内的复制和来自不同感染部位神经的冲动对呕吐中枢的刺激可引起猪呕吐。病毒引起的胃内壁病变可能是对胃炎性瘀滞的反应。胃排空紊乱可能在衰弱的病理发生中起重要的作用。

许多病例可在上呼吸道分离到血凝性脑脊髓炎病毒，却不出现临床症状。HEV不发生子宫内感染。感染母猪对乳猪提供乳汁抗体。因为在上呼吸道能规律性地检测出HEV，所以，一般认为，上呼吸道是HEV的正常栖息部位。