在湘村黑猪的育种方案，黑色毛被设定为品种的特征性状，是选育的目标之一。一般而言，在猪的毛色表型中，黑色毛和棕黄色毛都属于非完全显性的质量性状，所以，在杂交育种中由两个非完全显性毛色的品种培育纯色毛猪种是比较困难的。
 

桃源黑猪和杜洛克猪正是这样的两个亲本猪种，在先前的杂交育种中，横交多代也产生较大的毛色分离。显然，依靠表型选择黑毛的遗传进展将会缓慢。为此，在横交阶段进行了毛色测交试验，选择只产黑毛仔猪的公母猪作为育种材料进行继代选育。经过 5 个世代的选育，培育出现在的黑色毛的湘村黑猪。
 

采用黑色毛的桃源黑猪和棕色毛的杜洛克为杂交亲本，其杂种后代横交固定后的公、母猪毛色测交试验，其仔猪的毛色分离现象为黑色与棕黄色之比为3∶1。然而，黑色毛与棕黄色毛的遗传非常复杂，黑毛对棕毛一般呈现显性，有的黑色完全呈现显性，有的却不显现完全的黑色。可以推测，杜洛克猪棕色毛由多个位点基因控制，与黑色毛的桃源黑猪杂交其毛色遗传的规律有待进一步研究。
 

在湘村黑猪的培育中，采取先毛色测交再继代选育的方法进行育种，各世代对毛色遗传统计表明，1～2世代棕黄仔猪出现频率较高，从3世代开始，频率显著下降，到第5世代带棕黄杂色毛的频率仅为1.56%，这充分证明测交工作提高了选择效率，解决了靠表型选择进展慢的难题。湘村黑猪选育各世代，加强了对毛色表型的选择，带棕黄毛仔猪出现频率随世代的增高，逐代减少，到了选育的第5世代，黑色毛已稳定遗传，成为湘村黑猪的品种特征。