在现代养猪业中，抗生素被广泛应用，导致猪体内菌群失调、产生抗药性以及免疫功能下降，直接威胁到健康养殖和食品安全。自然养猪法在通过搞好垫料管理、调整消毒程序和药物使用等措施改善了体外微生态环境，同时通过用益生生物素来调整猪体内微生态平衡。
调控原理益生素中的芽孢杆菌和酵母菌都属于耗氧菌，随饲料进入猪消化道后，快速增殖，耗掉消化道的氧气，为长期定植在消化道内的厌氧乳酸菌和双歧杆菌创造有益环境，使其得到大量增殖；另一方面也使耗氧的致病菌(如大肠杆菌、沙门氏菌、魏氏梭菌等)由于缺氧而无法在肠道中定植，从而形成良好的肠道微生物菌群结构。通过益生生物素补充的芽孢杆菌和酵母菌与得到增殖的厌氧乳酸菌和双歧杆菌之间相互作用，产生以下功能和效果：
益生生物素产生的酸和益菌素，有效地抑制肠道病原微生物的生长繁殖，减少消化道疾病的发生。益生素提供的蛋白酶、淀粉酶和益生菌代谢过程中所产生的多种酶、氨基酸、维生素和菌体蛋白等物质，大大减轻了粪便异味，有效提高了饲料的消化率和利用率，从而提高饲料报酬。芽孢杆菌和乳酸菌产生的有机酸，不仅有利于猪对饲料的消化，还能刺激胃肠道蠕动加快，增加猪的采食量，提高日增重和缩短饲养周期。由于益生菌的菌体本身或细胞壁的作用，激活免疫细胞和增强机体免疫应答，因此提高了猪的免疫能力。同时由于发酵床中充满益生菌的强势菌群，有害微生物的生长繁殖受到抑制，使猪的居住环境得到净化。芽孢杆菌和酵母菌不能在肠道内长期定植，因此饲料中需要长期添加，否则就不能达到上述效果。
使用方法自然养猪法利用益生生物素和环保生物素在猪的体内和体外两个环境中形成益生菌的强势菌群，双重阻断病原微生物的侵入，增强猪只免疫力。此外还为猪只创造了一个舒适的睡觉床和运动场，睡眠和运动充分，进一步增强了猪只机体免疫力。在益生素的多种酶和肠道益生菌产生的各种酶的共同作用下，使猪只消化功能增强、采食量增加、日增重和饲料转化率提高，饲养周期缩短，经济效益提升。由此可见，以益生生物素和环保生物素为核心的自然养猪法是一个有利于猪只健康和提高猪只生产性能的健康生态养猪模式。

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